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    웹호스팅하는 업체들이 다 그렇게 합니다.
    요즘은 서버 컴퓨터의 성능이 좋기 때문에 일일 방문자가 작은 일반적인 홈페이지들은 한대의 서버 컴퓨터에 여러개~수백개의 도메인을 설치해서 운영합니다.

    보통 리눅스 책을 사면 잘 나와있습니다.
    네임서버, 웹서버설치에 관한 내용을 보면 나와 있지요.
    윈도우 서버관련 책에도 물론 잘 나와 있구요.

    우리가 흔히 인터넷이라고 하면 웹브라우저(익스플로러 같은)로 해당 도메인 주소(홈페이지 라고 부르는)에 있는걸 보는 것을 말하는데...
    이 홈페이지 정보를 저장하고 있다가 보여주는 것이 웹서버 입니다.

    이 웹서버를 동작하기 위해서는 IP주소를 정해줘야 하고,
    사람이 이 숫자로 된 IP번호를 일일히 외우기 힘드므로 도메인이라는 것을 만들었습니다.
    그런데 컴퓨터는 숫자로 된 IP번호로 인식을 하기 때문에, 도메인 네임(www.aaa.com과 같은)과 IP정보를 같이 가지고 있는 서버가 있어야 이 둘을 서로 연결해 줄수 있습니다. 이게 네임서버죠.

    따라서 네임서버에 두개의 도메인에 대하여 한개의 IP주소 정보를 입력해 놓으면 됩니다. (네임서버의 자세한 설정법은 책을 보거나, KLDP.org 리눅스 사이트 참조하시면 됩니다.)

    그다음에 한개의 IP주소를 가지고 있는 웹서버에 도메인 별로 계정을 주고, 별도의 디렉토리를 따로 정해두도록 설정을 하면 됩니다.
    보통 웹서버에 많이 사용되는 아파치 웹서버 프로그램에서 VirtualHost 설정부분에 설정을 해주시면 됩니다.
    죽, www.aaa.com 도메인은 aaa 디렉토리에 있는 것을 보여주고,
    www.bbb.com 도메인은 bbb 디렉토리에 있는 것을 보여줘라. 이렇게 설정하는 거죠.
    간단히 적어보면 뭐 아래와 같은 식입니다.

    <VirtualHost 200.200.200.200>
    ServerName www.aaa.com
    DocumentRoot /home/aaa
    </VirtualHost>

    <VirtualHost 200.200.200.200>
    ServerName www.bbb.com
    DocumentRoot /home/bbb
    </VirtualHost>


    보통 이 도메인 정보를 검색하는 것을 보통 '후이즈' 'whois' 라고 하는데,
    여기 보면 네임서버 정보나 IP정보를 다 알수 있습니다. ping만 쳐봐도 해당 서버의 IP번호를 알수 있지요. 그러니 혹시 어쩌다 다른 도메인의 IP정보를 봤는데 같은 IP라면 같은 서버에서 운영되는 홈페이지라고 보면 됩니다. 또 서로다른 도메인의 후이즈 정보를 봤는데 같은 네임서버 정보로 등록되어 있다면 같은 네임서버에 등록된 (또는 같은 웹호스팅 업체에서 운영하는) 홈페이지 라고 보시면 됩니다.

    *)추가 답변
    문의하신 내용대로 만약 aaa.domain.com으로는 ping이 되는데,
    bbb.domain.com 으로는 ping이 안된다면 이는 네임서버의 문제가 맞습니다.
    ping은 웹서버가 돌아가고 있느냐에 관계없이 해당 IP를 가진 PC가 켜있기만 하면 되기 때문에 ping이 안되는 것은 네임서버의 문제죠.
    네임서버의 설정에 뭔가 잘못이 있다고 보시면 됩니다.

    저는 한개의 IP를, 컴퓨터 한대에 리눅스로 설치해서 네임서버, 웹서버, 메일서버, FTP서버 프로그램 모두를 운영하고 있습니다. 내 스스로 직접 네임서버를 운영하므로 aaa.domain.com bbb.domain.com 과 같은 서브도메인을 내 원하는수대로 만들어 사용하고 있지요. ping을 해도 다 같은 ip죠.   ^-^
    IP를 배정받아 가지고 있다면 직접 네임서버를 운영해보는 것도 배운다는 측면에서 보면 좋은 방법일 것입니다. (사실 리눅스 책 한권에 다 나와 있습니다.)
    * 참고로 저는 리눅스를 사용하기 때문에 윈도우용 서버 프로그램은 알지 못합니다.